Ранее я уже публиковал небольшое руководство по подготовке изображений в Mercury. Здесь хотел бы остановиться на некоторых технических деталях, которые вы можете использовать на примере рисунка из загрузочного экрана Mercury.
Получение cif файла
Эта структура взята из статьи. Вы можете получить cif-файл из The Cambridge Crystallographic Data Centre – ConQest (Refcode: ASETEZ) или через специальную форму на сайте CCDC (Number 1471470).
Подготовка структуры в Mercury
Открываем cif-файл в Mercury. Скроем все молекулы растворителя, а также катионы Na. Вы можете использовать режим обычного выделения или лаccо, если вы случайно не попали курсором в атом и всё выделение было сброшено, нажмите (Ctrl + Z). Чтобы спрятать лишнее в конце нажмите правой кнопкой мыши Show / Hide-Hide atoms.
Должно получиться примерно так:
С помощью Лассо выберите центральный кластер и измените стиль на Spacefill.
Затем используйте тот же прием для выделения атомов Fe и Mo и измените их стиль на Polyhedral.
Перейдем в Display-Styles-Polyhedral Display Options и изменим Opacity на 0.7-0.8.
Осталось сделать рендер, найдите хороший ракурс, затем установите Material Properties-Shiny и готово! В качестве бонуса вы можете создать gif-анимацию для этой структуры (как это сделать, смотрите в руководстве).
